絕大多數(shù)垂體瘤可采用內(nèi)鏡下經(jīng)鼻蝶入路切除，利用鼻腔的自然間隙到達(dá)鞍區(qū)，外部無手術(shù)切口。術(shù)中操作都在內(nèi)鏡直視下進(jìn)行，“抵近觀察”對于垂體柄等精細(xì)結(jié)構(gòu)的觀察更為可靠，腫瘤全切率高，創(chuàng)傷更小。

梗阻性腦積水、復(fù)雜性腦積水等。嬰幼兒和兒童的腦積水，若進(jìn)行分流術(shù)，術(shù)后并發(fā)癥多，隨著患兒長大，還需再次手術(shù)更換分流管。采用神經(jīng)內(nèi)鏡手術(shù)，創(chuàng)傷小，療效好，不需放置和更換分流管。

一些顱內(nèi)腫瘤，特別是顱底腫瘤及腦室內(nèi)腫瘤可采用內(nèi)鏡手術(shù)切除。手術(shù)入路與顯微鏡下手術(shù)相仿，但對于周邊腦組織的牽拉要求相對較低，在保證徹底切除下有利于降低創(chuàng)傷。一些囊性腫瘤，如血管母細(xì)胞瘤、膠樣囊腫和顱咽管瘤也可在內(nèi)鏡下切除。

部分慢性硬膜下血腫、腦室出血、高血壓腦出血等可采用神經(jīng)內(nèi)鏡輔助下手術(shù)治療。相比較于傳統(tǒng)手術(shù)，具有手術(shù)創(chuàng)傷小，手術(shù)時(shí)間短、血腫清除率高、術(shù)后并發(fā)癥少、復(fù)發(fā)率低等優(yōu)勢。

三叉神經(jīng)痛、面肌痙攣、舌咽神經(jīng)痛都可在內(nèi)鏡下進(jìn)行微血管減壓術(shù)。神經(jīng)內(nèi)鏡下的手術(shù)對于責(zé)任血管的探查更為明確，手術(shù)更為安全有效。

脊柱神經(jīng)內(nèi)鏡是神經(jīng)內(nèi)鏡近階段應(yīng)用最有發(fā)展?jié)摿Φ牟糠帧Ｄ壳埃瑖庠絹碓蕉嗟纳窠?jīng)外科醫(yī)生采用內(nèi)鏡經(jīng)皮頸胸腰椎間盤突出的微創(chuàng)手術(shù)。