由于冰凍切片制片的速度快，已成為很多損毀性的手術(shù)或者良惡性難定的手術(shù)常規(guī)診斷方式，但冰凍病理診斷也存在一定的局限性：

準確率便是其中之一，冰凍切片的確診率不及石蠟切片，石蠟切片的準確率可高大99%左右，而冰凍切片依據(jù)冰凍的水平，確診率處于90%-95%已經(jīng)非常不錯了，可見其準確率的差距，還是有一定的距離。

其次便是應(yīng)用具有局限性，對于脂肪類病變、淋巴瘤等需要免疫特性確定或者不易切片的，冰凍很難確定，因此還是需要等待石蠟結(jié)果。對于具有高度傳播、傳染的疾病常常不采用冰凍會診，例如艾滋病、結(jié)核、梅毒等，避免醫(yī)源性傳播。

并且由于制片的質(zhì)量無法達到石蠟的效果，不適合應(yīng)用于針穿組織和小活檢組織。

快速冰凍病理診斷可以被看作為一把“雙刃劍”，雖然它及時快速，但由于送檢組織有限，診斷時間有限，細胞形態(tài)有變，沒有免疫組化等輔助檢查，尤其是夜間手術(shù)，更需要病理醫(yī)生在緊張的情緒和環(huán)境中保持冷靜和清醒的思維。基于各種原因，手術(shù)中冰凍病理診斷的難度很大，誤診的風險也極高，需要病理醫(yī)生有較高的診斷業(yè)務(wù)能力和臨危不亂的良好心理素質(zhì)。